20世纪初，我国的卫生状况依然十分简陋（详见上周的公卫故事），有部分地方的卫生条件甚至可以用空白来形容。广大官员和民众的科学卫生意识不强，对传染病一无所知，更谈不上预防控制，卫生防疫基本上属于一无所有。而且随着我国东北地区铁路网的完善，清末政府鼓励移民到东北关内。1910年，清政府正式废除了乾隆以来汉人出关垦殖的禁令，加快了移民的速度，仅仅当年从山东半岛乘船到东北的就达到36万多人。这种情况就为疾病的暴发流行准备了条件。

《东三省疫事报告书》写到：“满洲鼠疫确源于捕旱獭者，该患者于潜伏期间必与达乌利亚华工棚内之人相接触，故九月中旬忽有七人之暴死。俄人知该病之可恐，遂将该棚内华工一律逐出。满洲里与达乌里亚间传染之媒介，实即被逐之华工，遂酿成此三省最惨最烈之疫症。” 1910年10月26日，满洲出现首例鼠疫病例；11月8日传到哈尔滨，致使哈尔滨傅家甸地区在短短4个月的时间里，因为鼠疫而死亡了5693人，占当时总人口的0.81%。而整个东北三省，考虑到没上报等原因，估计死亡人数有六万余。

12月18日的天津，伍连德正在陆军军医学堂的研究室中准备第二天学生上课需要的实验材料，突然，外务府发来电报，要求伍连德火速进京。伍连德在与施肇基的沟通中了解到目前哈尔滨一带发生大规模的鼠疫故自愿作为钦差大臣，远赴哈尔滨去限制这场浩劫的发生。

临危受命的伍连德到达哈尔滨傅家甸后，曾经在一间实验室中与日本科学家展开较量。当时，日本科学家认为，根据现有的科学结果和理论，鼠疫是由老鼠经跳蚤的叮咬传给人的，而通过对几百只老鼠的检查，却在老鼠身上分离不到鼠疫杆菌，预计在这里并不是流行鼠疫。而伍连德却解释道，这类型的鼠疫一开始也许有经过老鼠传播给人的一种可能，现在则完全是从人传给人，没有老鼠或者跳蚤这个中间过程，从病人身上分离到鼠疫杆菌却足以说明问题了。于是，伍连德提出假设，这是一种新型鼠疫，即肺鼠疫，是人传人的，没有家鼠这个中间环节。

在与各界科学家和政府的斗争后，伍连德终于获得了指挥权，成立了以伍连德为首的中国东三省防鼠疫机构，采取了以下的措施：

1.将鼠疫流行中心傅家甸全面隔离。整个地区划成四个相互隔离的小区，每小区由一位高级医生作为主管，配备足够的助理员和警察，逐日挨户检查。一旦发现患者和可疑病人，马上送入防疫医院。其亲属送入从俄方租借的车厢改建的隔离站，对其住处进行彻底消毒，情况每日上报。

2.由于先前负责检查病人的警察不具备医学知识，由医护人员取代。负责逐户检查和接触病人的医务人员，上岗前必须接受培训。

3.为了保证傅家甸隔离成功，从长春调1160名官兵维持秩序，严格控制傅家甸地区人员的出入。

4.为了弥补医疗人员的不足，培训600名警察，协助医务人员进行鼠疫防疫。

另外，伍连德还设计一种特殊加厚的口罩，令每一个人都佩戴，老百姓称之为“伍式口罩”。

但是此刻面临着最大的难题，即政府提供的棺材不足，死者尸体存放的问题。按照当时中国的伦理和传统，死者都是入土为安的，但是当时由于哈尔滨天气寒冷，冻土深达数尺，根本不可能深挖，所以，只能火烧尸体。随即伍连德则上书北京，希望得到允许；但是过了许久也不见回复。在经历了绝望，施肇基与摄政王载沣沟通后，伍连德的焚尸请求终于获得了允许。

到了1911年3月1日，哈尔滨傅家甸当天的鼠疫死亡人数的统计还没有报道，终于，当天哈尔滨达到鼠疫零死亡。此后，东三省的鼠疫终于控制下来了！

1911年4月13日，我国举办的第一次国际性学术会议——万国鼠疫研究会顺利召开。在这次会议中，有来自中、英、美、俄、德、法、奥、意、荷、日、印、墨等12国的34名代表出席会议。经过各国代表商议，充分肯定了中国在这次鼠疫防治控制中取得的成绩；解决了在东北鼠疫中许多困扰人们的技术上的或理论上的问题，如：明确了传染源与疫源地的问题，明确了染疫房屋的消毒和焚烧原则的问题，解决了疫区大豆、粮食及皮货出口的防疫规则问题。

会议以决议的形式敦促清政府建立公共卫生系统：“应该尽一切努力组织一个中央公共卫生部门，特别是有关管理和关注将来发生的传染病的。”根据会议的提议，在北京设立京师防疫事务总局。但因清政府的灭亡，京师防疫事务总局没有发挥到什么作用，最终则促成了由伍连德为负责人的东三省防疫事务总管理处（东三省防疫处）于民国初年的1912年11月17日建立。